從支序分類的角度，傳統定義中硬骨魚便成了並系群，一些分類學家將硬骨魚類的範圍延伸，使魚類涵蓋了所有四足類，構成一個與脊椎動物等義的單系群。
生物學上的現存於類主要可分為三大綱，
分別是輻鰭魚總綱、肉鰭魚總綱以及軟骨魚綱，而輻鰭魚總綱與肉鰭魚總綱的部分成員則組成我們俗稱的硬骨魚。
- 輻鰭魚總綱族群浩大，我們日常所熟知的魚類皆屬於此類，占現代魚類的90%以上。由於鰭條呈輻射狀因此得名。
- 肉鰭魚總綱的魚鰭中有一個中軸骨，在前鰭的基部上有明顯的肌肉組織與分開的兩片腹鰭，和之後兩棲動物和四足類動物的演化有直接的關聯性，赫赫有名的腔棘魚、肺魚皆是肉鰭魚總綱的成員；當然，包含我們人類在內的哺乳動物以及所有兩棲類演化出的脊椎動物在之序分類下皆屬於此類。
- 現存的軟骨魚類主要分為板鰓亞綱（鯊魚、魟）和全頭亞綱（銀鮫）兩個亞綱，絕大多數的軟骨魚在海洋中生活，但它們卻起源於淡水生活的棘魚綱（已滅絕）祖先。