从支序分类的角度，传统定义中硬骨鱼便成了并系群，一些分类学家将硬骨鱼类的范围延伸，使鱼类涵盖了所有四足类，构成一个与脊椎动物等义的单系群。
生物学上的现存于类主要可分为三大纲，
分别是辐鳍鱼总纲、肉鳍鱼总纲以及软骨鱼纲，而辐鳍鱼总纲与肉鳍鱼总纲的部分成员则组成我们俗称的硬骨鱼。
- 辐鳍鱼总纲族群浩大，我们日常所熟知的鱼类皆属于此类，占现代鱼类的90%以上。由于鳍条呈辐射状因此得名。
- 肉鳍鱼总纲的鱼鳍中有一个中轴骨，在前鳍的基部上有明显的肌肉组织与分开的两片腹鳍，和之后两栖动物和四足类动物的演化有直接的关联性，赫赫有名的腔棘鱼、肺鱼皆是肉鳍鱼总纲的成员；当然，包含我们人类在内的哺乳动物以及所有两栖类演化出的脊椎动物在之序分类下皆属于此类。
- 现存的软骨鱼类主要分为板鳃亚纲（鲨鱼、𫚉）和全头亚纲（银鲛）两个亚纲，绝大多数的软骨鱼在海洋中生活，但它们却起源于淡水生活的棘鱼纲（已灭绝）祖先。